在Equestria的晚上，Doctor 和 Derpy一家四口都在欣賞星星，並學習天文知識。突然，Sparkler發現天上在兩顆巨大、銀色的流星正在墜下。
......
十五分鐘前，位於宇宙alpha、在平行宇宙的邊界上。
雌雄銀色巨人拼命地保護一架被再生的貝利亞軍團襲擊的戰艦，戰艦快被摧毀，除了一名女士被困而無法離開外，其他人都依領袖的指示離開，讓所有成員可以在其他銀色巨人的協助下安全逃生。巨人們驚訝發現那批外星人居然是機械生命體！至於他們的領袖與那女士原來是一對戀人，不想丟下她一人，決定陪她一起等死。
「想不到我們經歷戰爭、你一度死亡，就以為會苦盡甘來。誰知…」
「即使不能經歷婚禮，我們也會以回歸Allspark的方式結合…」
「不要放棄！」雌雄銀色巨人冒著被燒傷和爆炸的危險，把最後兩位機械生命體救出。由於身型大小的分別，銀色巨人是像抱洋娃娃的方式抱著機械生命體，他們逃脫後戰艦才爆炸。然而不死心的貝利亞，居然重創這一對銀色巨人！結果，他們連同另一對機械生命體，一同墜下宇宙alpha連接其他平行宇宙的裂縫。其他巨人和機械人都大驚，「大隊長！」「銀十字隊長！」「Prime!」其中一位巨人更高呼「爸爸！媽媽！…」
……
四人墜入宇宙beta時剛好在Equestria星球上空，突然四人發出粉彩四色，然後化成兩顆流星，以更快的速度墜下Equestira …
Doctor見此心感大事不妙，因為這兩顆巨型流星會足以毀了Equestria! 他與Derpy暫時放下小孩給桃塔羅斯，然後追著流星，制止「它們」墜下城鎮。可是流星在一道靛光影響下突然變細，然後四位傷者還各自多了一個降落傘。原來是Princess Luna，她在觀星時發現他們用魔法救回、並把他們變成小馬。
剛剛下地而輕傷的紅藍小馬和粉紅小馬，向Luna和Doctor表示先救回重傷的兩匹紅銀小馬，他們還在上空，頭部流血…
……
片頭：Doctor Who 2005年版主題音樂響起，除了BBC外，另外還多了Tsuburaya、Hasbro、和Toei的logo，先出現幾個演員名字：關俊彥、西岡德馬、森川智之、悠木碧、池田昌子、內山夕實，最後出現標題Doctor Whooves --- Three Couples
……
第二天，在得知道紅藍小馬和粉紅小馬的名字和身份後，Princess Luna和Doctor多次提醒二馬不要用現在使用的名字，應該用他們星球內戰前的本名。因為會與準備離開Equestria，字宙beta的機械生命體---同樣稱為變形金剛---另一個的平行自己混淆。所以當兩匹紅銀小馬---Ken 和 Marie醒來時，他們就用本名Orion和Ariel自我介紹。
不過出了一個問題：Ken 和 Marie有一些些失憶，他們失去了後半生的記憶，只記得他們經歷了奧特大戰爭的結束，還剛剛結婚呢。所以對於他們為什麼會率領一隊人去救眾變形金剛，是完全沒有印象。
於是Derpy建議Ken和Marie陪著Sparkler和Dinky說Daring Do的故事，Orion和Ariel連同Doctor和桃塔羅斯就返回Tardis一起尋找聯絡宇宙alpha那邊戰友的方法。不知道為什麼，聽完Daring Do的故事後，Dinky居然好奇地問Marie如何認識Ken，她就不介意地提及當年她如何照顧因走在戰場最前線而重創的Ken，兩人如何產生感情、結婚一事。不過就害至Ken尷尬要命，因為不僅Dinky，連Derpy都對他們的故事如痴如醉…但Sparkler好像沒有太大興趣。
……
返回宇宙alpha那邊，貝利亞和其黑暗五天王在其中一個即將消逝的黑洞找到一個奇怪的圓椎機器，上端是半球形，正面有一個奇怪的馬桶吸把和打蛋器做雙臂，它還持續地說Exterminate！Exterminate！
機器內的外星人名叫Dalek，是僅存的生還者。Dalek 一看到貝利亞就立刻攻擊，卻被Alien Deathre護駕下至一命嗚呼！…看著Dalek機器的精密結構，貝利亞知道可以用來做新的侵略武器了。他望著被困在鏡子似的異次元空間，好幾個如人類一樣大小的哭泣天使，胸有成竹。
……
「我來到此是度假散心，並不是繼續看到因時間悖論而造成的悲劇！」桃塔羅斯因Doctor多次聯絡失敗而賭氣，返回Derpy的家正好被Ken發現了。他因尷尬而站在小花園，桃塔羅斯就與Ken談天。
他談到自己其實是來自地球的意像人，是其中一種時間旅行者，能夠改變歷史而影響他們本身的世界。很久之前他曾經遇上一個脾氣大、心地善良的特異點人類Hana，她的時空因被邪惡的意像人破壞而無法出生，變成時空流浪者。後來桃塔羅斯與其契約者(剛好是Hana的舅舅) 一起歷險和向惡勢力戰鬥，漸漸地令他明辦是非。
最後原先被破壞的未來終於被修復，Hana要正式出生而離開Den-Liner。她在臨走前，居然向桃塔羅斯表白，而當時他才察覺自己原來早就愛上這位「鼻屎女」…為了令自己從錯過愛的痛苦振作，Den-liner車長就安排真正的Doctor Who在Tardis度假。誰知卻找錯了剛好在宇宙alpha旅行的Doctor Whooves。
突然屋內傳來一聲尖叫，還有意想不到的Exterminate！Exterminate！聲，原來是幾個塗上紅、黑兩色的Dalek突襲！Derpy為了保護小孩而受傷，Marie用保護罩包裹小馬們保護他們的安全。
桃塔羅斯在此變身成小馬外形的電王戰鬥！「我，現身！」
Ken也加入消滅Dalek的戰鬥，但沒有變身。他記起自己有個啞鈴可作武器，但無法拿出？
原來奧特啞鈴早在昨晚的拯救行動中丟失了！
話雖如此，Ken在沒有武器的情況下仍能成功打倒大部份的Dalek。讓電王和Derpy一家刮目相看。Dinky更加是被Ken迷到了！
總算消滅了Dalek兵團，但大家都仍為受傷的Derpy擔憂。這時Marie使用她的技能—痊癒光線把Derpy治好了。這時Doctor等馬及時趕回來，一方面看見家人安全而高興，另一方面看見Dalek的「殘骸」至哀傷。Orion和Ken解釋這只是個兵器，沒有生命。但Doctor不想信，還責怪Ken和桃塔羅斯為何使用暴力。
但Ariel很快發現Dalek「殘骸」中根本沒有原生外星人，而且還多了Darklops的標記。足可以證明Ken和桃塔羅斯是沒有殺生。在此，Ariel暗暗地問Derpy ： 難過博士昔日做錯某些事，令他對戰鬥、甚至是為保衛和公義而戰，都極大抗拒？ Derpy沒有回答。
……
為了緩和氣氛，他們下午一同去郊外野餐。看到 Ken 和Marie 重新享受蜜月的甜美時刻，而Orion 和Ariel又為未來的人生而興奮地討論婚禮的安排。四匹小馬圍著一組談天，他們好像還說了一些兒童不宜的話題……桃塔羅斯感到有點格格不入。Dcotor和 Derpy就邀請他一起玩卡片通戲，令他不會太孤單。
這時是黃昏，Luna剛剛起床，就收到了貝利亞向Equestria下的侵略令！是從天上發出的超人訊息，Luna用了翻釋魔法才能明白內容；而Ken看到後感到極大驚訝，奇怪貝利亞為什麼做出侵略的行徑，他不是與他在奧特大戰爭時出生入死的戰友麼？的確，他曾經與自己因Marie的緣故而成為情敵，並沒有出現自己的婚禮上…
同一時問，同時失去了領袖的宇宙警備隊和博派，一看到這超人訊息就查出了其出處，確定了宇宙beta的位置和領袖們在那個星球。太郎、梅比斯、火棒和大黃蜂四人自願籍光之國和Cybertron臨時研制的穿梭科技，前往Equestria拯救他們的領袖！
……
晚上，如他們所料，成千上萬的Darklops Dalek和黑暗四天王攻入Equestria了！Luna聯同姊姊Celesta和軍隊們準備還擊。大家為保家園，努力而戰！Luna原本想趕去為Ken、Marie、Ariel和Orion解除小馬化的魔法，然而她被打暈了。
太郎、梅比斯、火棒和大黃蜂終於趕到了，當太郎第一時間走到小馬化的父母面前，他們就說出令太郎愕然、心酸的話：「謝謝你，年輕人。你知道貝利亞在哪裡？」突然一道Dalek的死光打中太郎，他跌倒時也掉下特意還給父親的奧特啞鈴…Ken拿回啞鈴，上前為被Alien Temperor包圍的Orion解困。奧特啞鈴的閃光意外地讓音速起子起共鳴，讓為其他小馬疏散的Doctor暴露行蹤！這時，Ken和Marie的能量燈也開始閃亮了…
貝利亞就籍此拿Doctor一家威脅，叫眾英雄們停止攻擊，交出Ken和Marie，他就命令手下停止攻擊了。由於貝利亞是一個狡猾多端的人，所以Ken和Marie要求戰友們在二人作餌時，其他人就乘機突擊。可是Sparkler和Dinky一看到他們而高呼，泄露其他英雄的存在！Ariel 和 Marie注意到 Dalek準確殺死Sparkler和Dinky，就為她們擋了一檔而昏迷！至於Orion和 Ken在看到愛人受襲下，奮力突圍，讓Doctor一家可以逃脫。但也令自己被生擒…
在小型山項上，許多市民集結於此，看到侵略者真的一諾千金，用一種特殊的球體把四名外相特殊的小馬囚禁，然後帶走他們…Sparkler和Dinky感到十分後悔。
……
Luna終於醒了，看到皇家醫生為Celestia急救，自己根本沒有幫助了什麼，決定加入Doctor、Derpy和桃塔羅斯的拯救人質行列。由於意像人是無法在宇宙中維持實體形態，加上Doctor不願被桃附身，所以Doctor就向桃下了契約願望：希望在沒有什何生命死亡的情況下，能夠把貝利亞和其黨羽制裁。
至於太郎和梅比斯，他們決定暫時變成人類，與火棒和大黃蜂一起照顧Sparkler和Dinky。光太郎勞煩Dcotor，把Doctor的音速起子複製他的奧特徽章力量，好用來給Doctor恢復Ken 和Marie的記憶。「事實上，在他們下半生最重要的事，不是他們成立了宇宙警備隊，也不是他們昔日的朋友貝利亞墜落，而是我的出生。」光太郎對Doctor充滿期望地說。
Tardis馮著Darklops Dalek的碎片，把Doctor、Derpy、桃塔羅斯和Luna傳送至宇宙beta的另一端…
……
在被囚禁的情況下，貝利亞開始挖苦四位：「你知道你們令我最妒忌的是什麼？我同樣為打倒安布拉星人付出了那麼多，可是所有功勞都歸於你！還有，你還奪走我的…(在此聽不清)」
Tardis到達了貝利亞的基地，Luna暗中聽到這句話，心想：為什麼這麼像我們宇宙beta的柯柏文 (領袖之證世界觀) 的經歷？她曾經聽過宇宙beta的艾麗塔所說，當年麥加登也認為所有可以改變Cybertron社會問題的功勞都全落在Orion手上，所以才會與Orion決烈、墜落，挑起內戰…
「所以，我真正想報復的，不只是你們，Ken，Marie。我還要奪走好像你們般充滿榮耀、權利、還有幸福的人生，所屬的星球！」
Doctor和Luna先奔向四個球體的位置，然後電王(仍然是小馬形態)和Derpy出來隨意罵幾句，好讓貝利亞、四天王和Dalek分心追殺他們，Doctor和Luna就可以給Ken和Marie回復記憶和讓四位回復真身了！
貝利亞果然上當，但不致於完全傻了眼。當他發現時不算太遲，因為音速起子剛剛令Ken和Marie回復所有記憶，馬質還未變身或變形呢！所以Alien Mefilas立刻開啟球體的機關，抽出球內空氣讓他們缺氧至死！更糟的是，Luna的魔法無法穿透至球體…
……
Sparkler和Dinky很擔心地看著星空，為了令她們散心，大黃蜂和火棒就變形，讓她們可以乘著風輕鬆心情。Dinky向車內的未來又提及Ken和Marie的愛情故事。「我不想他們那麼早死…」大黃蜂見此，就輪到他說Orion和Ariel的故事：不論是最初的青梅竹馬還是因意外成為博派領袖後並肩作戰，還是因四百萬年前登舟時的意外令他們分隔兩地，甚至因柯柏文一度戰死令艾麗塔絕望了一段時間。然而直到最後，他居然在他人協力下復活，令她又驚又喜。
這次反而輪到Sparkler迷到了博派領袖的故事，但Dinky覺得這個故事太傷心，結果兩姊妹開始了 Team Commander和 Team Prime的爭論，弄兩位超人和兩位博派哭笑不得…
……
就在千釣一髮之際，Ken、Marie、Orion、Ariel都分別發出青綠、淡黃、青藍、粉紅四色的光芒，打破四個囚禁他們的球體。而他們，絲毫無損地救出被Dalek圍困的Doctor、Derpy、桃塔羅斯和Luna。所有的Dalek都被毀滅了！「這道力量名叫Spark Chain，凡是某星球的人的生命源是與亮光有關的，無論是等離子火花(Plasma Spark)還是火種源(Allspark)，總之代表光的力量一但在其主人出現危險時，只要那個人在正面方向堅持到底，就會出現…比原本的我重生13次還奇妙的奇跡。」Doctor非常振奮地解釋。
剛好Spark Chain其中一道光打中了Tardis，讓「她」即時把她所看到的現場，傳送至Sparkler的角上，投射給大家看。
Luna終於可以為他們解除小馬化的魔法，讓四人回復超人和變形金剛的身份！
超人之母、超人之父、柯柏文、艾麗塔
母：「Derpy，之前要靠妳照顧受傷的我們，幸苦你了。」
父：「我明白了為什麼我兒子形容你是個面惡心善的辣椒了，桃塔羅斯。」
柯：「Doctor，我希望你能夠明白使用適當武力來制裁邪惡的必要性…」
艾：「如果不是你的責任感，我們早就死於非命了，月亮公主。」
父、母、柯、艾：「所以，看在多位都是為正義與和平而戰的分上，請加入我們吧，博士！」Spark Chain的力量，把這句話也傳遞到真正的第十二任博士身上了…
但出於尊重，除了Doctor和沒有超能力的Derpy，所有人都向貝利亞軍團還擊！二馬意外地找到了異次元空間的入口，因為被貝利亞的攻擊而反彈，意外地釋放了所有哭泣天使！
「給它們看到的話，不要看別處、不要眨眼！」可惜電王沒有注意到這話，結果被哭泣天使抓著了！然而意像人只是個早就穿越時空的靈體，所以哭泣天使完全沒有辦法把電王送到過去的某個時空。
博士靈機一觸，就叫四名「巨人」再次啟動Spark Chain，然後把力量賜予四匹小馬。
Derpy從超人之母得到紫色的Spark Chain。
電王從超人之父得到紅色的Spark Chain。
Doctor從柯柏文得到橙色的Spark Chain。
Luna從艾麗塔得到靛藍的Spark Chain。
之後，四名巨人也再次小馬化。依著彩虹光譜的顏色排成環形再高速轉動，迷惑所有的哭泣天使去抓著貝利亞和四天王。縱使貝利亞和四天王是有聽到「不要眨眼！」那句話，但在Spark Chain的影響下仍然做出仿如眨眼的錯覺。結果，哭泣天使成功地把貝利亞和四天王送到過去。
在地球觀看到英雄們的勝利，Sparkler和Dinky都非常興奮，光太郎、未來、火棒和大黃蜂都感到欣慰。
……
Tardis把他們先送回Equestria，他們一下亭，就聽到Team Commander和 Team Prime那個男人較好的吵架聲……得知Ken和Orion要回家了，Dinky和Sparkler非常捨不得，Dinky還抱著Ken的右前蹄大哭呢！至於Orion和Ariel，他們感謝Luna昨晚在為Ken和Marie急救期間與二人談話：他們從Luna得知原來她身處的宇宙beta，那一方的自己早於殉國了，但同樣都是博派獲得最後勝利，而那個時空的他們，都是為保護、孕育新一代而犧牲的。然而他們有留下了孖生姊弟於世上…這事提醒二人更加要珍惜得來不易的幸福。
博士為他們和自己的家人拍下大合照後，就準備把已經化成人間體的超人們、開啟擬人系統的博派們、和變回原本人型肉身的桃塔羅斯送回家了。在此Doctor Whooves和Derpy Hooves在Tardis裡表明自己的真正身份：Dcotor Whooves原來就是真正的第十位博士的分身，而Derpy Hooves就是英國女子Rose Tyler。Rose的媽媽去世後，她與博士分身在惡狼灣發現了能夠通往字宙alpha地球和宇宙beta Equestria的通道。他就利用Tardis種子的力量重建一個新的Tardis，全家搬往Equestria生活。初時他們是用Time Turner和Ditzy Doo這完全不同的名字，至於Rose = Derpy，由於人類的腦電波不太適應Equestria的緣故，所以她會不時做出傻氣的舉動…
……
Tardis到了光之國的奧特航空港，Orion在Ken和Marie離開前送了一份婚禮邀請帖，他們的婚禮將會在三日後的Cybertron，新水晶城舉行！
至於桃塔羅斯，他在回家後就探訪剛剛出生的Hana，他附身良太郎後手抱著不停地叫「momo、momo」的嬰孩，快樂地微笑。
三日後，超人之父和超人之母前往Cybertron出席柯柏文和艾麗塔的婚禮。
婚宴期間，Tardis的聲音出現在新郎和新娘，還有來自M78星雲的客人面前！
原來是第十二任博士來到…「唏，還有沒有結婚蛋糕剩下啊？」
FIN
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